A causa dell'invasione nazista della Polonia e della conseguente devastazione dello zoo di Varsavia, il guardiano dello zoo Jan Zabinski e la moglie Antonina sono costretti a lasciare ciò che resta del parco e i pochi animali sopravvissuti. Non appena i nazisti iniziano a deportare gli ebrei verso i campi di concentramento, Jan e Antonina rischiano il tutto per tutto per nascondere il maggior numero di future vittime nel loro zoo. Contro ogni previsione, Antonina e gli ebrei protetti riescono a creare un particolare rapporto di fiducia che porterà a tracciare uno straziante piano di fuga.