Buona parte dell'umanità è stata sterminata. I pochi sopravvissuti all'evento devono affidare le loro sorti a William Adamo, comandante dell'unica astronave militare ancora funzionante, e Laura Roslin, presidentessa del Colonial One. I due leader dovranno mettere in salvo i loro simili conducendoli alla tredicesima colonia, la Terra. I Cycloni, responsabili dell'eccidio di una buona percentuale di esseri umani, sono guidati da Lee Adamo, figlio di William. Gli attacchi continuano senza sosta e non senza vittime. Per poter mettere in salvo la gente è necessario affrontare peripezie di ogni tipo; lotte stellari, creature fantascientifiche, unire la ricerca alla leggenda e alla Fede. Tra continui alti e bassi e riassestamenti di potere la lotta tra i due popoli persiste sin tanto che viene data alla luce una creatura ibrida il cui patrimonio genetico sia metà umano e metà cyclone. Il suo nome è Hera. Nonostante questo evento venga interpretato da qualcuno come un segnale positivo, come una sorta di possibilità di armistizio, gli eventi precipitano. Le due popolazioni combattono ancora la loro lunga guerra e proprio la natura logorante del conflitto fa sì che tanto da una parte quanto dall'altra inizino ad organizzarsi dei gruppi di dissidenti. Quando finalmente l'umanità arriva alla Terra lo scenario che si presenta ai suoi occhi è tutt'altro che rassicurante; della loro meta non resta che un insieme di detriti radioattivi e ovviamente non abitabili. Delusione e disperazione sono le reazioni più diffuse tra i coloni. Molti arrivano addirittura al suicidio. Soltanto dopo una mossa azzardata l'umanità riesce a stabilirsi su un'altra Terra, stavolta abitata da creature primitive. Intanto alcuni robot discutono con gli esseri umani sul destino che Dio ha riservato loro...