Lincoln Burrows viene giudicato il responsabile dell'assassinio di Terrence Steadman, fratello del vice presidente degli USA. Dovrà quindi scontare una lunga pena nella prigione di Fox River. Il fratello di Lincoln, Michael, decide di commettere un reato minore in modo di farsi incarcerare insieme al presunto assassino di Terrence. Intanto l'avvocato Veronica Donovan tanta di ricostruire gli eventi che hanno portato Lincoln ad una prossima condanna a morte. I due fratelli detenuti vengono tenuti a bada dalla “Compagnia” un gruppo di federali sotto copertura. Ciò non impedisce loro, ins...