Due anni dopo la fine della quarta grande guerra ninja, per motivi sconosciuti la luna si sta avvicinando sempre più alla terra. Nel mentre, Naruto Uzumaki, grazie al valore dimostrato nella guerra, è diventato celebre e ammirato da numerose ragazze e ninja di Konoha e di tutto il mondo. Hinata Hyuga, da sempre innamorata di lui, tenta di dichiararsi donandogli una sciarpa rossa cucita da lei stessa Hinata viene rapita dal misterioso e potente Toneri Otsutsuki, discendente di Hamura Otsutsuki, giunto a Konoha unicamente per rapirla. Contrastato nell'impresa da Naruto, Toneri rapisce la sorella minore di Hinata, Hanabi, sparendo subito dopo. Dopo un summit dei cinque kage, il sesto Hokage Kakashi Hatake ordina a Naruto, Hinata, Sakura, Sai e Shikamaru di partire per una missione per salvare Hanabi e neutralizzare Toneri Otsutsuki, sospettato di essere l'artefice del piano della caduta della luna e della conseguente distruzione della terra.